В списке список наиболее частых нарушений у вузов при прохождении госаккредитации — несоответствие федеральным стандартам способов проведения производственной практики, , а также последовательности и распределения по периодам обучения. Кроме того, сообщает Рособранадзор, отсутствие доступа к изданиям электронных библиотечных систем, указанным в рабочих программах. Еще одно часто встречающееся нарушение — несоответствие квалификации руководящих работников организации установленным требованиям.
Также в «черном списке» Рособрнадзора — несоответствие материально-технической базы для занятий, недостаточное количество научно-педагогических работников с ученой степенью, педагогов, обучившихся по программе магистратуры.
Наличие у вуза свидетельства о государственной аккредитации подтверждает соответствие его работы федеральным государственным образовательным стандартам. Если лицензию приостанавливают или отбирают, частный вуз по-прежнему может вести образовательную деятельность и выдавать дипломы собственного образца, но не государственного. Также такой вуз не может гарантировать студентам отсрочку от службы в армии.